然而升格過後麻煩事才正要開始，在合併能創造利益之前（市長許添財說的），得先花費很多時間去統整：行政區劃、門牌、車牌、校名、政府、法規整合等等這麼多，必定是要花費很多的社會成本才能完成的。
其中有個議題在爭取合併之初，為了表現出一副同心協力的樣子而沒有人敢提出來，現在則逐漸浮上檯面，即未來新的市中心該放在哪裡？
早在爭取合併升格之初，台南市長許添財就提到：「台南市為第一行政中心，新營市（今台南縣府所在）為第二行政中心，共同發展」之類的話語。
然而前幾日台南縣議長吳健保（國）反嗆許添財，要台南市不要太自以為，甚至明言指出「台南府市」的行政中心應該放在台南縣新營市。
